Na obszarze działalności Oddziału zlokalizowane są następujące jednostki naukowe PAN:

1. Muzeum i Instytut Zoologii PAN – Stacja Ornitologiczna w Gdańsku.
2. Centrum Astronomiczne im. M. Kopernika PAN – Zakład Astrofizyki w Toruniu.
3. Instytut Geografii i Przestrzennego Zagospodarowania PAN – Zakład Zasobów Środowiska i Geozagrożeń w Toruniu.
4. PAN Biblioteka Gdańska.
5. Instytut Budownictwa Wodnego PAN w Gdańsku.
6. Instytut Budownictwa Wodnego PAN w Gdańsku – Pracownia Oceanotechniki w Szczecinie.
7. Instytut Maszyn Przepływowych PAN w Gdańsku.
8. Instytut Oceanologii PAN w Sopocie.
9. Instytut Matematyczny PAN, Oddział w Sopocie.
10. Instytut Matematyczny PAN, Oddział w Toruniu.
11. Instytut Archeologii i Etnologii PAN – Ośrodek Archeologii Średniowiecza Krajów Nadbałtyckich w Szczecinie.
12. Instytut Archeologii i Etnologii PAN – Zespół Badawczy w Kołobrzegu.
13. Instytutu Badan Literackich PAN – Pracownia Słownika Polszczyzny XVI w. w Toruniu.
14. Instytut Historii PAN – Pracownia Historii Gdańska i Dziejów Morskich Polski w Gdańsku.
15. Instytut Historii PAN – Pracownia Historii Pomorza i Krajów Bałtyckich w Toruniu.
16. Instytut Biochemii i Biofizyki PAN – Pracownia Biologii Molekularnej w Gdańsku.